Además ideó y presidió la organización
político-militar clandestina La Trinitaria, la cual fue creada para
luchar contra la invasión haitiana.
Desde el exilio, Duarte supervisó y
financió la guerra de independencia llevada a cabo por sus compañeros
de lucha, habiendo quedado en ruinas y abrazando la idea de libertad
hasta el final de sus días.
Su liderazgo lo convirtió en blanco de
las más viles infamias que lo llevaron a ser expulsado de la nueva
nación en varias ocasiones.
Su visión liberal se vio socavada por
las élites conservadoras que pretendían someter la nueva nación a las
potencias coloniales y volver al regionalismo tradicional.
Sin embargo, sus democráticos ideales,
aunque un tanto imprecisos, han servido como principios rectores para
la mayoría de los gobiernos dominicanos. Su iniciativa lo convirtió en
un mártir político a los ojos de las generaciones posteriores.
Históricamente, Duarte ha sido considerado como el «padre de la patria».
Duarte nació en el seno de una familia
de clase media de la época colonial que se dedicaba al comercio de
artículos de marina y ferretería en la zona portuaria de Santo Domingo.
Pronto su familia se vería cada vez más involucrada en la causa de
Juan Pablo convirtiéndose en su soporte; sus hermanos Rosa y Vicente
estuvieron muy activos en los movimientos independentistas realizados
por su hermano.
En 1842, Duarte se convirtió en un oficial de alto rango de la Guardia Nacional, dirigida por el Gobierno haitiano.
En 1843 participó en la Revolución
Reformista contra la dictadura de Jean Pierre Boyer, quien amenazaba
con invadir la parte occidental de la isla con intención de unificarla.
Después de derrotar al presidente haitiano Charles Herard y tras
conseguir la independencia dominicana en 1844, se formó una Junta que
designaría al primer gobernante de la nación; la mayoría de los
miembros votó por Duarte para presidirla pero él declinó tomando el
cargo en su lugar Tomás Bobadilla.
Duarte sostuvo fuertes desacuerdos con
el terrateniente conservador Pedro Santana, quien veía las ideas de
Duarte inviables. Con todo esto, un Santana fortalecido y forzado a
varios destierros, Duarte murió exiliado en Venezuela en 1876.